水禽品种的防卫机构一般可与喂奶鸟类比较，虽然在系统的结构有基础上的差别，但是水禽可用的详尽资料细胞膜抗原，只有鸡可用作研究粘液囊和胸腺衍生的淋巴细胞的发育。
许多饲养的鸟，近亲繁育为的是颜色突变，这近亲繁育会使免疫系统变弱，且造成这种鸟比自由饲养的同品种更容易罹染疾患。
防卫系统的目的除了是保护个体对抗入侵的有机体，更是去除异常的细胞体。防卫系统运行认出外物细胞，被观察到移植敌视徵候群，要这系统正确地作用，它是命令式的让身体才能区别正常细胞体（自家抗体）和这些不像自家的（外来的抗体）。如果身体弄成不能容忍它自己的细胞，那就发生自体免疫性疾患。
上皮表面
病原步入身体的初部制约是皮肤和肠的、呼吸道的、尿道的和生殖道的粘膜衬里。皮肤的自然菌丛被几个诱因指明和调节，如落屑、干燥和较低的酸硷值，局部的环境因子改变能破坏菌丛，而且让其他的微机体入侵。
同源的菌丛
刚孵出的小鸡（幼鸟）在头3-4周期间，发展肝脏的常态或同源的菌丛，这菌丛是特定种获得的菌丛抢占可用的空间，占住受体和有竞争力地行动，借助多种不同的机理对抗入侵者。免疫系统的天然发展也依赖同源的菌丛连续不断的抗衣原体的剌激，粘膜相关淋巴样组织构成所谓淋巴上皮系统，兼任从粘膜表面捕获和处理抗衣原体。
鸟的呼吸道、尿道和生殖道的粘膜同样被特定的菌丛移居细胞膜抗原，而从其构成元素比较上来说，是不晓得粘膜的表面含杯状细胞分泌坚毅的粘液。粘液用做覆盖真菌或病毒的细胞受体，这粘液也含溶菌青汁（有制菌和抗虫毒的能力）与免疫球蛋白。
骨髓的系统
这系统由全来自骨髓的3种细胞组成：多形核粒细胞（最重要的是异嗜性）、血小板（凝血细胞）和单核细胞分化成巨噬细胞。
白血球
通常来说，水禽异嗜性白血球的核，当它离开骨髓时，是具有数叶多重形状，因而在喂奶植物看到的一侧移位是无法确定的。异嗜性白血球寿命比较短（几小时或几天），而它们的颗粒填满多种青汁（二溴化物青汁、蛋白质青汁、水解青汁）和乳铁蛋白，乳铁蛋白拿来结合游离铁，是许多真菌须要的生长因子。异嗜性白血球的主功用是吞噬和打掉“外来的”物质或损坏的细胞，不用交给免疫系统处理它们成为抗衣原体。
异嗜性白血球第2个方式，借助制造OC1－甲基根和单重氧剿灭病菌。OC1导致真菌荚膜蛋白质的氧化作用，而稍后2个物质是极其不稳定的，即有脂类反应构成有毒的、杀菌的有机二溴化物。
关于水禽的嗜伊红白血球的资讯一直比较少，与喂奶植物相比，通常不觉得鸟对寄生物的侵入有降低嗜伊红白血球的反应。似乎水禽的嗜伊红白血球参与过敏性反应，参与的程度被觉得视品种、激起的抗衣原体和鸟的年纪而定。
水禽的嗜硷白血球形态学上和机能上是同一组织肥大细胞，它们的颗粒内含影响血管的胺和蛋白质、前列腺素与促动剂（活酶），用于融化连锁，就像制凝药（例如肝制凝素），这种细胞在抗支原体沉着的地方运行，加速炎症。
血小板（凝血细胞）
与喂奶植物的血小板不同，水禽的血小板（凝血细胞）有吞噬作用，目前未解决的是，吞噬细胞的过程与异嗜性白血球使用的过程是否是相同的。
巨噬细胞
所有的巨噬细胞追溯于骨髓，骨髓步入周边的血液产生单核白血球，巨噬细胞的形态依据它们的位置和机能的状态而不同。
表、藉位置巨噬细胞的形态（形体）
形态（形体）位置
单核白血球周边的血液
间质细胞许多的组织
星状细胞肝窦
多核巨细胞肉芽组织
兰格罕士细胞结核性肉芽肿
上皮细胞巨噬细胞有胞浆内包含物
小神经胶质细胞脑
心房相等于喂奶植物的肺胞，巨噬细胞并不显示在水禽的脑部，但是全部的上皮表面在嫡母食道、心房和部份漏斗脏器能揪出微粒性的物质和运输它到吞噬体，此后被间质性巨噬细胞处理。
巨噬细胞寿命长，除非它们被所吞入的东西打掉。它们配备有分解微粒，含多种不同的物质根据。它们各自的功能被释放，这种物质从事吞噬作用，促使发热（比起喂奶植物，动物十分罕见），诱导炎症，加工抗支原体以剌激免疫反应和组织癒合。巨噬细胞被T淋巴细胞释出的干扰素加剧，激活作用使巨噬细胞降低面积、移动性和新陈代谢的活动。
巨噬细胞在炎性的加工是活动因子，它们趋化性地被吸引到微生物侵入的地点协助剿灭入侵者。
并非所有的外来物都被巨噬细胞食入或捣毁，有些抗支原体分子长时间逗留在细胞表面，这巨噬细胞亚类表面代表特殊的抗衣原体（第二型组织相容性抗体：在巨噬细胞上细胞膜抗体、B淋巴细胞和加剧的T淋巴细胞）调节抗体，呈递细胞和抗体辨识细胞（淋巴细胞）之间的交互作用。
像巨噬细胞的细胞也称树突状细胞，有长的、丝状的细胞浆的处置为特点，而且分布遍布肝脏和实质脏器淋巴滤胞。树突状细胞有少的吞噬细胞的活动，而且它们有表面受体为补体（防御素）、抗体和第二型组织相容性抗体。抗体结合树突状细胞是十分强悍的免疫剌激，在抗体的记忆反应饰演主要的角色。
免疫调节体
几个免疫调节体包含佐药和诱发物，主要的功能在巨噬细胞层次。佐药作用以多种不同的方式降低对抗体的免疫反应，它们许多如氨水或一些油，作用只是抑制抗体的吸收。
诱发物，非常是这些来自不同的痘病毒组成不活动的成份，能剌激巨噬细胞和粒细胞、自然杀手细胞的吞噬作用而按照使用的痘病毒型制造干扰素和前列腺素E与A。自然杀手细胞在非特定防卫机构，虽然是重要的因子，尤其是对抗病毒感染和病毒诱发的癌症细胞。
药物，尤其是一些三环霉素剂型，能不同程度抑制免疫系统。间接的作用是短暂降低皮质椰油酮浆液量，压下巨噬细胞活动；直接的作用是包含阻碍蛋白质合成、吞噬作用与抗体处理。
特定的防卫
特定的防卫机构主要依赖抗体致畸的细胞、B和T淋巴细胞去辨识每一抗体表位（抗体附着素）和制造特定有机体抗原（汗液性免疫系统），或使之发生细胞参与的反应（细胞性免疫系统）。按照寄主（鸟）之前是否感受过某些的抗体或是初次遇到，某些的特定防卫反应对抗体可能会延后2或3天甚至5-10天。
物质要成为免疫性的（形成免疫的），结构上它必将是稳定的大分子和对寄主而言是外来的，并且一定有表面的构造（表位）抵抗，而免疫反应会被集中。个体表位可能诱发抗原制造、细胞参与反应、耐受性或免疫抑制。由于表位非常地被划分范围及在抗体占很小的地方，制造的抗原对抗某抗体的位置，可能反应表位在另一个完全无关的抗体。这交互反应之间完全不同的抗体，在一些血浆的试验会形成确诊的困局。
除此之外，大分子、小分子（亦称半抗体）被联接到载体，也可能发生免疫反应。对临床大夫半抗体的单独影响是小的，抗生素的代谢分子可能结合血浆（或其他的）蛋白质。这种分子被辨识为外来的及时常诱发过敏性反应，对半抗体载体分子反应表示抗原对半抗体表位的制造可能是不依赖载体分子本身。但是照那样的情形，细胞参与的反应可能被推动抗半抗体载体，因而被叫做“特定载体”。