膜蛋白具有多种功能，在细胞辨识、细胞讯号转导、运输等有着中着重要的角色，因而也是绝佳的抗生素靶向。抽提膜蛋白主要是进行蛋白组剖析：常用的实验是非变性胶电泳、酶活剖析、SDS-PAGE、blot等。本文表述了总蛋白的抽提方式、和膜蛋白的提取方式。
一、从新鲜样品中提取总蛋白(简易法)
1.自配裂解液(pH8.5-9.0)：50mMTris-HCl，2mMEDTA,100mMNaCl，0.5%X-100，调pH值至8.5-9.0备用;用前加入100μg/ml溶菌酶，1μl/ml的蛋白酶抑制剂PMSF。该裂解液药量为10-50ml裂解液/1g湿菌体。
2.将40ml菌液在12000g，4℃下离心15分钟搜集菌体，沉淀用PBS漂浮漂洗2遍，沉淀加入1ml裂解液漂浮菌体。
3.超声粉碎，采用300w，10s超声/10s间隔，超声20min，反复冻融超声3次至菌液变清或则变色。
4.1000g离心除去大碎片，上清可直接变性后PAGE电泳检查，或则用1%SDS碱液透析后冻存。
缺点：结果表明，疏水性跨膜蛋白提取效率有限。
二、从裂解液中分离总蛋白
1.溶化的样品碾磨破碎后，加乙酸分层，2-8℃下10000g离心15min，下层水相用于RNA提取，容积约为总体积的60%。
2.用乙酸沉淀中间层和有机相中的DNA。每使用1ml加入0.3ml无水乙酸混匀，温度放置3min，2-8℃不超过2000g离心5min。
3.将上清移至新的EP管中，用异戊烷沉淀蛋白质。每使用1ml加入1.5ml异戊烷，温度放置10min，2-8℃下12000g离心10min，弃上清。
4.用富含0.3M硫酸胍的95%乙酸漂洗。每1ml加入2ml洗剂细胞膜糖蛋白，温度放置20min，2-8℃下7500g离心5min，弃上清，重复漂洗2次。最后加入2ml无水乙酸，涡旋后温度放置20min，2-8℃下7500g离心5min，弃上清。
5.冷藏干燥5-10min，1%SDS碱液溶化，反复吹打，50℃温浴使其完全溶化，2-8℃下10000g离心10min消除不溶物。
6.取代方案：将3中的酚醇碱液移至小分子量透析袋中，在2-8℃的1%SDS氨水中透析3次，1000g离心10min消除沉淀，上清可直接用于蛋白实验。
三、从新鲜样品中提取疏水性膜蛋白(X-114去污剂法)
1.配制疏水性蛋白提取液(非裂解液)：1%X-114，150mMNaCl,10mMTris-HCl，1mMEDTA，调pH值至8.0备用。
2.菌液于4℃条件下15000g离心15min搜集菌体;用1ml富含5mMMgCl2的PBS漂洗3次，最后于4℃条件下15000g离心15min搜集菌体。
3.菌体沉淀加入1ml冷提取液，于4℃条件下放置2h，17000g离心10min，除去沉淀取上清。
4.将上述上清中的X-114浓度降低到2%，再加入20mM的CaCl2抑制部份蛋白酶活性细胞膜糖蛋白，37℃条件下放置10min使其分层。温度下1000g离心10min使固相和去污相充分分层。
5.将固相和去污相分开，分别用10倍容积的冷乙醇在冰上沉淀45min。
6.于4℃条件下17000g离心30min，用去离子水漂洗沉淀3次。
7.将沉淀溶化在1%SDS氨水中，测定蛋白含量，比较气相和去污相中蛋白提取效率，通常是去污相中疏水性膜蛋白较多，易于进一步蛋白实验。
8.SDS-PAGE进一步剖析气相和去污相的蛋白图谱。
注意事项：膜蛋白的浓度比较少，须要搜集比较多的细胞，最好是用试剂盒提取膜蛋白如：上海凯基的是试剂盒、膜蛋白提取试剂盒、碧云天膜蛋白提取试剂。