为适应新形势下化学实验教学发展的须要，原化学系普通化学实验教研室、近代化学实验教研室以及部份专门化基础实验室于1999年11月合并成立了成都学院基础化学实验教学中心。2001年5月，原化学系、技术数学系和月球数学系等系所合并成立了上海学院化学大学，基础化学实验教学中心成为化学大学的十个实体之一。中心现任校长为吕斯骅院长、段家祇院士和张朝晖院士。基础化学实验教学中心历任校长为李智院士。
实验教学中心的实验室面积目前约为2999平方米，固定资产总值约为3804亿元，拥有X射线粉末衍射仪、分子束外延装置、超高真空STM和多功能真空镀膜机等价值20亿元以上的仪器多台。
实验教学中心承当全校的化学实验教学任务，开办有面向非化学类理、工、医学生的“基础数学实验”、面向化学类中学生的“普通化学实验”、“综合化学实验”和“近代化学实验”等课程。能开出的基本实验有140余个，综合研究性实验约100多个。年教学工作量约15千人学时。
实验教学中心的前身普通化学实验教研室和近代化学实验教研室过去在全省实验化学教学界有很大影响。全省第一本《普通化学实验》教材（林抒，龚余庆主编获教育部教材二等奖）和全省第一本《近代化学实验》教材（吴思诚，王祖铨主编获教育部优秀教材奖）都分别出自这两个教研室。原普通化学实验教研室和近代化学实验教研室所研发的实验仪器和首先开出的实验也被其它院校广泛采用。1989年，由普通化学实验教研室的谢慧瑗、陈怀琳和龚余庆三位院长主持的“把握基础、充实更新、全面提升普通化学实验课程的建设和变革”项目获国家科委颁授的教学变革成果特等奖。1993年，由近代化学实验教研室的吴思诚、王祖铨、吕斯骅、赵汝光和黄飞虎院长主持的“全面革新建设具有世界先进水平的近代化学实验课程”获国家科委颁授的第二届普通高等中学优秀教学成果国家级银奖。
实验教学中心创立后，得到了教育部亚行按揭项目、国家理科基地建设项目和中学985项目的大力投入。在实验教学条件逐渐改善的情况下，首任中心院长吕斯骅院长和历任中心所长段家忯院士提出了要在现代数学学和现代科学技术发展的水平上全面建立化学实验课程体系的目标。中心根据“加强基础，循序渐进，因材施教，全面提升”的教改思路，将专科四年的化学实验教学统一规划，把普通化学实验和近代化学实验作为整体来考虑，打破了原普通化学实验中的力、热、声、光、电之间，普通化学实验与近代化学实验之间，以及近代化学实验与专门化实验之间的界限，对这种化学实验课程进行了重组、融合，初步构建了新的课程体系。新的课程体系在“基础数学实验”课中加入了近代化学实验的内容，结束了过去非化学类中学生接触不到近现代数学内容的历史；不仅在“普通化学实验”中降低了设计性实验的内容外，在五年级念书期还增设了一门研究型的必修课“综合化学实验”，在“近代化学实验”课中也加入了研究型实验模块，大大加大了对中学生创新能力的培养。2000年和2001年实验中心的教学变革成果——“全面变革化学实验教学的体系和内容，培养有坚实基础的创新人才”分别获上海市教学成果银奖和教育部教学成果二等奖。2005年实验中心分别被评为首批上海市和国家级实验教学示范中心。2005年和2006年普通化学实验课分别被评为上海市和国家级精品课。2007年近代化学实验课分别被评为上海市精品课和国家级精品课。
实验教学中心有一支高素养的班主任队伍。“近代化学实验”课主持人吴思诚院士从事化学实验教学四十余年，在国外实验化学教学界享有很高的威望，为首批国家名师奖获得者，并兼任教育部化学学与天文学教学指导委员会副部长委员达15年之久，任第一、二届全省院校化学实验教学研究会理事长。“普通化学实验”课主持人、中心所长段家忯院长历任全省院校化学实验教学研究会理事长。实验中心教员大都承当或承当过国家自然科学基金的重点基金或面上项目，涉及的研究领域包括表面化学、半导体化学、磁性薄膜、高温超导、光学和非线性数学等。先后发表论文约200多篇，其中发表在Phys.Rev.Lett.、Phys.Rev.、Appl.Phys.Lett.、J.Appl.Phys.等主流刊物上的有50多篇。吴思诚院士、季航院士、张朝晖院士和刘春玲副院长为博士生导师。
实验教学中心一贯注重教材建设。在1981出版全省第一本《普通化学实验》教材和一套《普通化学实验指导》书后，在课程变革的基础上，我们对变革成果进行了总结，在2002年3月由上海学院出版社出版了《基础数学实验》教材。2006年1月由高等教育出版社出版了《新编基础化学实验》（“十五”国家级教材），该教材在《基础数学实验》基础上降低了二十几个新的基本实验和若干设计、综合研究性实验的范例。1986年，吴思诚和王祖铨院长主编的全省第一本《近代化学实验》（第一册、第二册）教材由上海学院出版社出版，其中，第一册包括了1980年全省大会制订的教学大纲中规定的29个实验，第二册包括了18个选做实验。该教材1992年12月获第二届普通高等中学优秀教材全省优秀奖。1995年《近代化学实验》教材第二版由上海学院出版社出版，该版教材1998年又获国家科委颁授的国家科委科技进步（教材）二等奖。2005年《近代化学实验》第三版作为“十五”国家级规划教材由高等教育出版社出版，2007年该教材又在“十一五”国家级教材规划中立项。
在教学仪器的设计和研发方面实验教学中心也仍然有着优良传统。实验仪器的研制是实验化学的一个重要方面，也同样应当是实验化学教学的一个重要方面。教学中心使用的教学仪器有相当一部份是我们自己设计，并由我们或厂家生产制造。在往年的实验教学仪器评选中，实验教学中心共获得了四项银奖，是各院校中最多的。近些年来，实验教学中心更多地让中学生参与了教学仪器的研发物理教学杂志，使仪器研发本身也成为教学的一部份。
基础数学国家级实验教学示范中心（上海学院）（以下简称“中心”）是首批国家级实验教学示范中心，由实验室与设备管理部和化学大学共同领导。中心具有健全的管理制度，包括“北京学院实验室工作细则”、“北京学院仪器设备管理办法”等校级管理制度和“物理实验教学中心实验室管理制度”、“物理实验教学中心院长职责”、“物理实验教学中心技术人员岗位职责”等一系列内部细则。2018年，中心创立了教学指导委员会，聘请朱守华等6位校内外著名专家兼任委员。教学指导委员会定期举办大会，审议中心的管理与运行情况和未来发展规划。
为适应数学学拔尖人才培养的新要求，中心三年来对两门主干核心课程“普通化学实验”和“近代化学实验”进行了重点建设，通过实验内容升级、教学模式更新等多种手段全面提升课程的高阶性和先进性，有效保证了面上教学的高品质，“近代化学实验”和“普通化学实验”先后获准为第一批、第二批国家级一流专科课程。为强化优秀中学生的特殊培养，中心还重点塑造了两门教改课程，分别是开办于2018年的“综合普物实验”和开办于2014年的“前沿数学实验”，通过研究型的教改课程满足优秀中学生科研训练的需求，推动优秀中学生快速成长。
2022年，上海学院开始施行“物理学科卓越人才培养计划”，每年面向国外外选拔不超过100名数学学科拔尖、综合素养优异的学生，通过超常规的措施推动拔尖创新人才的选拔培养，支撑国家原始创新和科技实力整体跃升。为探求卓越人才培养的有效路径，中心于2022年冬季为刚入学的首届“卓越班”学生非常开办了周末班“普通化学实验”物理教学杂志，并专门构建课程内容和培养方案，将课程由单一的“传统课堂实验”调整为“课堂实验”、“自主学习实验”和“自主实验”三部份内容，通过更为灵活、丰富和不同类型的内容设置全面强化对中学生动手实践能力和创新精神的培养，上述东正教学模式和课程内容在期终调查问卷中遭到“卓越班”学生的普遍好评。
实验室安全管理方面，中心按要求制订了安全规范制度并严格执行，定期自查，全面保障所有教学实验室的运行安全，保持了至今安全零车祸的记录。教学管理方面，中心构建了专门网站，为中学生提供了全面系统的实验课学习资料用于预习、实验选题和师生交流，并开发了电子报告上传和批阅系统、二维码课程管理系统等。5年来，中心网站系统平台对外开放运行，疗效良好，截止2022年，网站信息化资源总数约，年访问量约55600人次。
今后，实验教学中心将坚持以中学生为本，力图打造一个体系完整、设施健全、思想先进、内容充实的高品质专科化学实验教学多级平台，为培养高素养的数学人才服务。