西南学院数学系是理大学所属的基层学术组织，下设理论化学、凝聚态化学、光学、无线电化学、物理实验中心等科学研究与教学研究单位。
数学系现有数学学一级学科博士点，汇聚态化学学科是浙江省重点学科。化学系设有应用数学学专科专业。按照专业建设和中学生就业须要，建立模块化课群，实现学科、专业之间的交叉与融合，培养中学生具有扎实的数学理论基础和利用物理及计算机技术解决实际问题的能力。
数学系现有教员工45人，其大专任班主任40人（院士10人，副院长19人，讲师11人）东北林业大学物理实验，实验技术系列人员4人，工勤系列人员1人。班主任队伍中，有国家级高水平人才1人，国家优秀青年基金获得者1人，四川省百千万人才工程4人。化学系班主任积极从事化学及相关领域的科学研究工作，近年来在教学和科研方面取得若干标志性成果，诸如：主持国家自然科学基金18项、省厅级以上科研项目50余项，获得多项科研和教学奖励，包括1项山东省自然科学二等奖。
化学系承当了学院数学和学院化学实验等专科生全校性的公共基础课。学院数学被评为国家级精品资源共享课程，学院数学（双语）被评为国家级双语示范课程，学院化学实验被评为山东省精品课程东北林业大学物理实验，化学实验中心被评为山东省化学实验教学示范中心。
据悉，化学系班主任近些年来积极举办对外学术交流，先后与法国、德国、英国、日本、加拿大等国家的学院和研究机构构建学术、科研和人才培养的交流关系。同时广泛聘请国外、外著名学者为中学的兼职院士，并约请专家、学者进行学术交流。学术成果被包括诺贝尔奖得主的诸多国际顶级学者和国际合作组引用并正面评价。部份优秀学术成果还被评为年度世界十大数学学突破，以及被国际科学媒体平台和网站公开报导。
化学学深刻改变了人们的宇宙观，促使人类思想的革命性飞越，是基础性推动学科且一直是高新技术发展的源泉和重要保障，不断引起产业转型，促使人类的现代文明和社会进步。西南学院化学系以人才支撑学科、以学科培养人才的方法，不断提高自身的各项业务水平。严格把关人才培养质量、突出数学学科理学特色，并积极举办与文科学科在各个方向的交叉型学术合作和交流。同时，西南学院化学系也深刻认识到自身在社会服务方面所须承当的责任，积极配合山东省化学学会各项工作，借助空余时间开放专业实验室，培训和补习山东省内有潜质的学生的数学知识。最终目标是借助自身具备的科研教学条件为地区性社会经济发展贡献力量。