学校设有21个学院（系）、4所直属附属医院。 现有教职工（含附属医院）13590余人，全日制在校生17000余人。 现有临床医学、基础医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学一级学科博士学位授权点1个。 拥有临床医学、口腔医学等6个一级学科福建医科大学排名，2个博士学位专业学位授权点； 9个硕士学位授权一级学科，9个专业硕士学位授权点。 现有临床医学、基础医学博士后科研工作站2个，博士后工作站4个福建医科大学排名，院士工作站2个。 临床医学、药理学与毒理学、化学、神经科学与行为学、生物学与生物化学5个学科进入ESI全球排名前1%。 现有临床医学、基础医学等省级学科6个，肿瘤免疫药物研制国家地方联合工程研究中心、消化道恶性肿瘤重点实验室等省部级科研平台44个。教育部、国家代谢病研究中心。 建有国家临床医学研究中心福建省分中心、国家老年病临床医学研究中心福建省分中心2个。 “十三五”以来，承担各类科研项目5000余项，发表SCI收录论文8400余篇。 获中华医学科技奖、福建省科学技术进步奖、福建省医学科技奖等奖项174项。
