蛋白质组()的概念最先由Marc提出，指由一个基因组()，或一个细胞、组织抒发的所有蛋白质()。
蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差异，它随着组织、甚至环境状态的不同而改变。在转录时，一个基因可以多种mRNA方式剪接，一个蛋白质组不是一个基因组的直接产物，蛋白质组中蛋白质的数量有时可以超过基因组的数量。蛋白质组学()处于初期“发育”状态，这个领域的专家证实它是单纯的方式学，如同基因组学一样，不是一个封闭的、概念化的稳定的知识体系，而是一个领域。
蛋白质的研究内容
1、结构蛋白质组学：主要是蛋白质抒发模型的研究，包括蛋白质多肽序列、分析及空间结构的解析种类剖析及数目确定;
2、功能蛋白质组学：主要是蛋白质功能模式的研究，包括蛋白质功能及蛋白质间的互相作用。
蛋白质组学的领域
1、蛋白质的微特点以供蛋白质的规模化鉴别和她们的后翻译饰；
2、“差异显示”蛋白质组学供蛋白质水平与癌症在广泛范围的有力应用比较；
3、应用特定的剖析技术如质谱法（包括串联质谱法、生物质谱法）或酵母双杂交系统以及其他蛋白质组学研究新技术研究蛋白质-蛋白质互相作用。
蛋白质组学的研究技术
1、蛋白质分离技术
2、蛋白质鉴别技术
蛋白质分离策略
二维凝胶电泳法
二维凝胶电泳的原理是第一向基于蛋白质的等电点不同用等电聚焦分离，第二向则按分子量的不同用SDS-PAGE分离，把复杂蛋白混和物中的蛋白质在二维平面上分开。
2-DE有较好的帧率，SDS-PAGE或三相IEF的最好帧率仅为100个蛋白，而2-DE大概为3000个蛋白。
蛋白质肽段的鉴别
质谱法
质谱（mass）是化合物分子在真空条件下受电子流的轰击或强电场等其他方式的作用，电离成离子细胞膜蛋白，同时发生个别物理键有规律的破裂，生成具有不同质量的带电荷的离子，这种离子按质荷比m/z（离子的质量m与其所带电荷z的比值）的大小被搜集并记录程谱的技巧。
生物质谱技术是蛋白质组学研究中最重要的鉴别技术，其基本原理是样品分子离子化后，依据不同离子之间的荷质比（M/E）的差别来分离并确定分子量。对于经过单向电泳分离的目标蛋白质用胰蛋白酶酶解（酯化Lys或Arg的-C端产生的肽键）成肽段，对这种肽段用质谱进行鉴别与剖析。目前常用的质谱包括两种：基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）和电喷雾质谱（ESI-MS）。
蛋白质互相作用
1、免疫共沉淀技术
该技术以抗原和抗体之间的特异性结合为基础，除了才能确定生理条件下细胞或组织内2种目标蛋白质是否存在互相作用，还可以探究与己知互相作用的蛋白。
它的基本原理是在非变性条件下裂解细胞，保留细胞内互相作用的蛋白质，将目的蛋白的抗原加入细胞裂解液中，使目的蛋白在体内的互相作用蛋白成电出来。经过洗脱，搜集沉淀物并进行分离，最后对分离所获得蛋白进行鉴别。
该方式所研究的蛋白均是在体内经过翻译后修饰的，而且是可分离的天然状态的互相作用蛋白复合物，才能反映正常生理条件下的蛋白质间互相作用
2、酵母双杂交系统
该系统借助真核细胞调控转录起始过程中，DNA结合结构域(,BD)辨识DNA上的特异序列并使转录激活结构域(,AD)启动所调节的基因的转录这一原理，将己知蛋白X和待研究蛋白Y的基因分别与编码AD和BD的序列结合，通过载体引物转到同一酵母细胞中抒发，生成两个融合蛋白。若蛋白X和Y可以互相作用，则AD和BD在空间上接近能够产生完整的有活性的转录因子，从而启动转录，抒发相应的报告基因;反之，假如X和Y之间不存在互相作用，报告基因就不会抒发。这样，通过报告基因的抒发与否，便可确定是否发生了蛋白质的互相作用。
3、蛋白质芯片技术
蛋白质芯片是一种新型的生物芯片，才能进列宽通量的蛋白功能剖析。该技术实现的基础是蛋白探针在液相支持物(载体)表而的大规模集成，借助样品中标记或未经标记的靶蛋白分子与探针进行反应，之后通过萤光法、放射性核素法或无标记测量法等相应的方式进行检查，最后由计算机剖析结果，获得高产率抒发蛋白。
技术
原理
优点
缺点
酵母双杂交系统
当靶蛋白和诱饵蛋白特异结合后，诱饵蛋白结合于报导基因的启动子，启动报导基因在酵母细胞内的抒发，假若测量到报导基因的抒发产物，则说明二者之间有互相作用，反之则二者之间没有互相作用。
蛋白质有可能保持天然的折叠状态，敏感度高，简捷
假阴性;融合体蛋白必须转运至核内能够活化转录
噬茵体展示技术
在编码噬菌体壳体蛋白基因上联接一单克隆抗原的DNA序列，当噬菌体生长时，表面就抒发出相应的单抗，再将噬菌体过柱，柱上若含目的蛋白，还会与相应抗原特异性结合
骁龙量，简便，直接得到基因、高选择性的筛选复杂混和物、在筛选过程中通过适当改变条件可以直接评价互相结合
须经过真菌转化、噬菌体包装;文库短发子遗传的多样性有局限性，有些序列不能抒发，对细胞有毒性的分子不能抒发和展示
Pulldown技术
将靶蛋白-GST/his融合蛋白亲和固化在芦丁亲和树脂上,作为与目的蛋白亲和的支撑物，充当一种“诱饵蛋白”，目的蛋白碱液过柱,可从中捕获与之互相作用的“捕获蛋白”(目的蛋白)，洗脱结合物后通过SDS-PAGE电泳剖析，因而否认两种蛋白间的互相作用或筛选相应的目的蛋白
可从体外传路或翻译体系中检测出蛋白互相作用关系，简单易行，操作便捷
假阴性
免疫共沉淀
(CoIP)
以抗原和抗体之间的专情性作用为基础的用于研究蛋白质互相作用的精典方式
蛋白处于天然状态，可以防止人为影响;可以分离得到天然状态下互相作用的蛋白复合体
不能保证沉淀的蛋白复合物时侯为直接互相作用的两种蛋白;灵敏度低
Far-
(亲和印记)
将PAGE胶上分离好的凡百样品转移到硫酸纤维膜上，之后检查哪种蛋白能与标记了核素的诱饵蛋白发生作用，最后定影
可测量不须要自然折叠状态的蛋白质之间的互相作用
转膜前须要将蛋白复性
等离子表面共振技术(，SPR)
借助一种纳米级的薄膜吸附上“诱饵蛋白”，当待测蛋白与诱饵蛋白结合后，薄膜的共振性质会发生改变，通过测量便可知这两种蛋白的结合情况。
不须要标记物和颜料，安全灵敏快速，还可定量剖析
须要专门的等离子表面共振检查
仪器。
萤光共振能量转移技术(FRET)
指两个萤光法色络合物在足够近(
可以在活体中测量，特别灵敏，分辨率高细胞膜蛋白，才能测量大分子的构型变化，才能定性定量的测量互相作用的硬度
此项技术要求发色络合物的距离大于100埃，设备高昂，还须要融合GFP给蛋白标记。
蛋白质芯片阵列技术
对液相载体进行特殊的物理处理，再将已知的蛋白分子产物固定其上(如酶、抗原、抗体、受体、配体、细胞因子等)，按照这种生物分子的特点，捕获能与之特异性结合的待测蛋白(存在于血浆、血浆、淋巴、间质液、尿液、渗出液、细胞溶化液、分泌液等)，经漂洗、纯化，再进行确认和生化剖析
可直接用粗生物样品(血浆、尿、体液)进行剖析，可同时快速发觉多个生物标记物，小量样品，联发科量，
芯片制备复杂，蛋白质的非特异性结合，灵敏度和帧率低
蛋白质组学的应用
在癌症及抗生素研究中的应用
1、发现新的疾患标志物，鉴别疾患相关蛋白质作为初期临床确诊标志。
比如：Lei等通过2-DE和基质辅助激光解析电离飞行时间质谱等蛋白质组学相关技术对膀胱癌病人的尿蛋白进行分离鉴别，获得14个差别抒发的蛋白质，这种差别抒发的蛋白可能是确诊和测量膀胱癌的潜在尿标志物。
2、探索癌症的发病机制和医治途径
例：等应用蛋白质组学方式对遗传性球状红细胞增多症的红细胞膜蛋白变化进行研究，分离鉴别出56个差别抒发的蛋白质，通过蛋白质网路剖析出包括细胞死亡、细胞循环及遗传性和血液性衰弱3个HS相关的重要网路，为进一步研究和了解HS相关的发病机制提供了参考。
3、研究膜蛋白及膜相关蛋白
Liu等借助比较膜蛋白组学方式对H5N1病毒分别感染6,12,14h的人肺肿瘤细胞A549进行蛋白剖析鉴别，得到24个差别抒发的蛋白质，其中57%为膜蛋白或膜相关蛋白，通过siRNA技术鉴别出与病毒增殖相关的几种蛋白质。
4、为快速，特异，联发科量的抗生素研究提供了技术支持
Lin等应用蛋白质组学技术对阿霉素处理的人卵巢癌细胞的蛋白抒发变化进行研究发觉，有37种差别抒发的蛋白质，为阿霉素抗性的宫颈癌细胞的医治提供了确诊和医治标志物。